Как уменьшить размер базы данных

// Сначала ищем и сохраняем в массиве все id покупателей, которые нельзя удалять.
$objectTypes = umiObjectTypesCollection::getInstance();
$ObjectTypeId = $objectTypes->getBaseType("emarket", "order");

$sel_order = new umiSelection;
$sel_order->addObjectType($ObjectTypeId);
$sel_order->addPropertyFilterIsNotNull($num_order);
$result_order = umiSelectionsParser::runSelection($sel_order); //Массив id объектов
$arr_need_users = array();
			
foreach($result_order as $Id) {
	  $object = $objects->getObject($Id);
	  $need_user_id = $object->getValue("customer_id");
	  $arr_need_users[] = $need_user_id;
}

// затем тупо делаем выборку из базы всех покупателей и удаляем только тех, 
// которых нет в ранее сохранённом массиве нужных покупателей.

$cnt = 1000;

$sel_guest = new selector('objects');
$sel_guest->types('object-type')->name('emarket', 'customer');        
$sel_guest->limit(0, $cnt); 
sel_guest->order('id')->desc();
$result_guest = $sel_guest->result();

$deleted=0;
foreach($result_guest as $item){
    $id_customer = $item->id;
    if(!in_array($id_customer, $arr_need_users)) {
        $objects->delObject($id_customer);
        //$sql_del = "DELETE FROM `cms3_object_content` WHERE `obj_id` = {$id_customer}";
        //l_mysql_query($sql_del);    
        $deleted++;
    }
}

Затем точно также удаляем ненужные заказы:

// Нужные заказы легко найти по наличию у них заполненного поля "Номер заказа"
$sel_order_need = new selector('objects');
$sel_order_need->types('object-type')->name('emarket', 'order');   
$sel_order_need->where('number')->isNull(false);
$result_order_need = $sel_order_need->result();

// Находим все заказы и удаляем только те, которых нет в массиве $result_order_need
$cnt = 1000;
$sel_order = new selector('objects');
$sel_order->types('object-type')->name('emarket', 'order');   
$sel_order->limit(0, $cnt); 
$sel_order->order('id')->desc();
$result_order = $sel_order->result();

$deleted=0;
foreach($result_order as $order){
    $id_order = $order->id;
    if(!in_array($id_order, $arr_non_orders)) {
        $objects->delObject($id_order);
        //$sql_del = "DELETE FROM `cms3_object_content` WHERE `obj_id` = {$id_customer}";
        //l_mysql_query($sql_del);    
        $deleted++;
    }
}

Ну и последним этапам находим и удаляем товарные позиции, которые хранились в удалённых ранее заказах:

// Вначале выбираем все нужные заказы, берём товары в них и сохраняем в единый  массив.
$sel_order_need = new selector('objects');
$sel_order_need->types('object-type')->name('emarket', 'order');   
$sel_order_need->where('number')->isNull(false);
$result_order_need = $sel_order_need->result();

$arr_need_order_items = array();
foreach($result_order_need as $order){
	$order = umiObjectsCollection::getInstance()->getObject($order->id);
	if($order instanceof umiObject) {
		$orderItems = $order->getValue('order_items');
	}
	foreach($orderItems as $OrderItemId) {
		$arr_need_order_items[] = $OrderItemId;
	}
}

// Затем находим все товарные позиции и удаляем только те, которых нет в массиве $arr_need_order_items
$cnt = 1000;
	   
$sel_order_item = new selector('objects');
$sel_order_item->types('object-type')->name('emarket', 'order_item');   
$sel_order_item->limit(0, $cnt); 
$sel_order_item->order('id')->desc();
$result_order_items = $sel_order_item->result();

$deleted=0;
foreach($result_order_items as $order_item){
	$id_order_item = $order_item->id;
	if(!in_array($id_order_item, $arr_need_order_items)) {
		$objects->delObject($id_order_item);
		//$sql_del = "DELETE FROM `cms3_object_content` WHERE `obj_id` = {$id_order_item}";
		//l_mysql_query($sql_del);    
		$deleted++;
    }
}

Всё, база очищена

Остался правда ещё один нюанс, под конец нужно оптимизировать 2-е таблицы в базе, чтобы удалённые записи физически удалились из них. Только после этого размер базы придёт в соответсвие с количество записей в ней.

$sql_optimize = "OPTIMIZE TABLE `cms3_object_content`, `cms3_objects`";
l_mysql_query($sql_optimize);  

Шаг 3. Скачать чистилку.

Рабочий вариант можно скачать на github.com